Vaistų gamintojų asociacija veikia pagal LR asociacijų įstatymą ir savo veikloje vadovaujasi Visuotiniame asociacijos narių susirinkime patvirtintais įstatais. Asociacijos valdyba yra kolegialus organas, kurį sudaro 7 nariai, išrinkti Asociacijos narių.
Valdyba
Etikos kodeksas
2019 metų sausio 1 d. tapusi Europos generinių, biopanašių ir pridėtinę vertę kuriančių vaistų gamintojus vienijančios asociacijos Medicines for Europe asocijuota nare, Vaistų gamintojų asociacija vadovaujasi šios asociacijos Code of Conduct (Elgesio kodeksu).
2014 metų VGA Visuotiniame asociacijos narių susirinkime patvirtino, kad laikosi Vaistų rinkodaros etikos kodekso ir jo dalies, Atskleidimo kodekso, pagal savanorišką susitarimą su IFPA (Inovatyvios farmacijos pramonės asociacija). Konsoliduoto Etikos kodekso naują redakciją VGA patvirtino Visuotiniame asociacijos narių susirinkime 2020 m. birželio 25 d. Kodeksas taikomas kompanijoms, vykdančioms vaistų rinkodarą Lietuvoje.
Kodekso priežiūrą vykdo komisija, kurią sudaro po tris iš kiekvienos asociacijos deleguotus narius. Komisijai vadovauja pirmininkas.